現在の平等院は、天台宗系の最勝院（ともに鳳凰堂の西側にある）浄土宗の浄土院という2つの寺院が共同で管理している。浄土院は明応年間（1492年-1501年）、最勝院は承応3年（1654年）の創始であり、平等院が浄土・天台両宗の共同管理となったのは、天和元年（1681年）、寺社奉行の裁定によるものである。
1990年代以降、庭園の発掘調査・復元、鳳凰堂堂内装飾のコンピュータ・グラフィックスによる再現などが行われている。2001年にはそれまでの「宝物館」に代わり、「平等院ミュージアム鳳翔館」がオープンした。建築家栗生明は、鳳翔館（新建築2001年9月号）の設計で、日本芸術院賞を受賞している。
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1996年から1997年にかけて、平等院の裏手に15階建てのマンションが建ち、鳳凰堂の背景になってしまっている。創建当初からの風致が大きく損なわれたため、景観規制条例の強化の動きが出るなど、論議を呼んだ。
鳳凰堂
天喜元年（1053年）の建立。浄土式庭園の阿字池の中島に東向きに建つ。本尊阿弥陀如来像を安置する中堂（ちゅうどう）、左右の翼廊、中堂背後の尾廊の計4棟が「平等院鳳凰堂」として国宝に指定されている。中堂は入母屋造、裳階（もこし）付き。東側正面中央の扉を開放すると、柱間の格子は本尊の頭部の高さに円窓が開けられており、建物外からも本尊阿弥陀如来の面相が拝せるようになっている。阿弥陀如来の住する極楽浄土は西方にあると信じられており、池の東岸（あるいは寺の前を流れる宇治川の東岸）から、向かい岸（彼岸）の阿弥陀像を拝するように意図されたものである。中堂の屋根上には1対の鳳凰（想像上の鳥）像が据えられているが、現在屋根上にあるのは複製で、実物（国宝）は取り外して別途保管されている。本尊阿弥陀如来像（国宝）は仏師定朝の確証ある唯一の遺作。本尊を安置する須弥壇は螺鈿（らでん）や飾金具で装飾され、周囲の扉や壁は極彩色の絵画で飾られ、天井や柱にも彩色文様が施されていた。長押（なげし）上の壁には楽器を奏で、舞いを舞う姿の供養菩薩像の浮き彫り（現存52体）があり、本尊の頭上には精巧な透かし彫りの天蓋（てんがい）を吊る。現在、壁画は剥落が激しく、柱や天井の装飾は色あせ、須弥壇の螺鈿は脱落しているが、創建当時の堂内は、当時の貴族が思い描いた極楽のイメージを再現した、華麗なものであったと思われる。なお、「鳳凰堂」の呼称は江戸時代からで、当初は「阿弥陀堂」あるいは単に「御堂」と呼ばれていた。日本の10円硬貨には平等院鳳凰堂が、一万円紙幣には鳳凰堂の屋根上に飾られている鳳凰がデザインされている。
庭園
中島に鳳凰堂の建つ阿字池を中心とした浄土式庭園。平成2年（1990年）からの発掘調査により平安時代築造の州浜が検出され、現在は創建当初の姿に復元整備されている。鳳凰堂への入堂も池の北岸から2つの小橋を渡る当初の形式に復されている。
観音堂
境内北側、表門を入って左側に建つ。本尊十一面観音立像（平安時代後期）を安置していたが、現在は鳳翔館に移されている。
鳳翔館
境内南側にある博物館で、2001年に開館した。